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Physikalisches Seminar (Biophysik): Potenzielle Bachelorarbeitsthemen – Übersicht
- Übersicht
wird nur im Wintersemester angeboten
Dozenten
- Prof. Dr. Claudia Veigel
- Prof. Dr. Philip Tinnefeld
- Prof. Dr. Dieter Braun
- Prof. Ralf Jungmann
- Prof. Don C. Lamb
- ...
Themenvergabe
die Themen wurden am 13. November 9:00 (st) im Seminarraum N110 vergeben .
Inhalt
In diesem Seminar beschäftigen wir uns mit aktuellen Fragestellungen und Methoden aus der Biophysik. Das Seminar bietet Bachelorstudenten die Möglichkeit einen Seminarvortrag über spezielle biophysikalische Methoden und aktuelle biophysikalische Fragestellungen zu halten. Die Themen sind dabei so gewählt, dass bei gegenseitigem Interesse die Möglichkeit besteht, im Anschluss an das Semester eine Bachelorarbeit in diesem Bereich durchzuführen
Termine
Das Seminar (3 ECTS) wird als Blockveranstaltung angeboten. Wir werden zunächst eine Vorbesprechung (am 13. November um 9:00) veranstalten, bei der die einzelnen Themen vorgestellt und unter den Seminarteilnehmer*innen verteilt werden.
Die Vorträge werden am 13. und 17. Januar 2025 nach den Weihnachtsferien gehalten. Der Termin für die Vorträge wurde während der Vorbesprechung im November festgelegt:
Die Vorträge starten dann pünktlich um XX Uhr st. im Seminarraum YY (wird auch noch bekannt gegeben).
Seminarvorträge
Die Vorträge können in deutscher oder englischer Sprache präsentiert werden und sollten ca. 20 min dauern. Im Anschluss gibt es jeweils eine kurze Frage- und Diskussionsrunde in der alle Studenten zur Mitarbeit aufgerufen sind.
Biophysikseminar (Physikalisches Seminar Biophysik) 3 ECTS-Punkte
>>>> Tips für gute wissenschaftliche Präsentationen: [PDF] <<<<<
Seminarthemen (wurden im November vergeben und werden am 13. und 17. Januar von den Teilnehmern im Seminar vorgetragen)
AG Veigel:
de Jonge and Graw et al, Nature Communications (2024)
Veigel et al, Nature Cell Biology (2002)
AG Braun:
"Polymerisation in volcanic Rocks" (Tianle Xuan)
"Ligation chain reaction in an Early Earth simulator" (Fiona Olems)
"Formation of RNA-Peptide hybrids for Prototranslation" (Florian Stickdorn)
Literatur:
1. Salditt, A. et al. Ribozyme-mediated RNA synthesis and replication in a model Hadean microenvironment. Nat Commun 14, 1495 (2023).
2. Matreux, T., Aikkila, P., Scheu, B., Braun, D. & Mast, C. B. Heat flows enrich prebiotic building blocks and enhance their reactivity. Nature 628, 110–116 (2024).
3. Calaça Serrão, A. et al. High-Fidelity Templated Ligation of RNA via 2′,3′-Cyclic Phosphate. https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/64a301fbba3e99daef744b88 (2023) doi:10.26434/chemrxiv-2023-m261p.
AG Schwille:
"diffusion and binding dynamics in TIRF microscopy" (Jurek Nägele)
Literatur: Mücksch, Blumhardt et al. 2018: "Quantifying Reversible Surface Binding via Surface-Integrated Fluorescence Correlation Spectroscopy" doi.org/10.1021/acs.nanolett.8b00875
AG Liedl:
"Conjugation of Porphyrins with catalytic activity to DNA " (Julian Hein)
Literatur: Dey, S., Fan, C., Gothelf, K.V. et al. DNA origami. Nat Rev Methods Primers 1, 13 (2021). https://doi.org/10.1038/s43586-020-00009-8
AG Jungmann:
"Z-calibration for superresolution microscopy" (Alexander Nissen)
Literatur: Nanometer-scale Multiplexed Super-Resolution Imaging with an Economic 3D-DNA-PAINT Microscope
https://doi.org/10.1002/cphc.201800630
AG Rädler:
"Biomechanics of Collective Cell Migration" (Lin Qi)
Literatur:
"Structure and Activity of mRNA Lipid Nanoparticles" (Vortragende*r)
Literatur:
AG Nickel:
"Photoswitchable Lipids im Langmiur Trog" (Timm Holzner)
Literatur:
"Osmotischer Druck in Feuchtekammern" (Florian Maier)
Literatur:
AG Lamb:
"Use of AI for Biophysical Analyses" (Vortragende*r)
Literatur:
Wanninger S, Asadiatouei P, Bohlen J, Salem CB, Tinnefeld P, Ploetz E, and Lamb DC. Deep-LASI: deep-learning assisted, single-molecule imaging analysis of multi-color DNA origami structures. Nat Commun 2023 14: 6564.
Kaestel-Hansen, J., de Sautu, M., Saminathan, A., Scanavachi, G., Correia, R. et al. (2024). Deep learning assisted single particle tracking for automated correlation between diffusion and function. Res Sq, rs.3.rs-3716053.
"Single Particle Tracking with Orbital Tracking" (Vortragende*r)
Literatur:
Wehnekamp F, Plucinska G, Thong R, Misgeld T, and Lamb DC. Nanoresolution real-time 3D orbital tracking for studying mitochondrial trafficking in vertebrate axons in vivo. eLife 2019 8.
Mieskes F, Ploetz E, Wehnekamp F, Rat V, and Lamb DC. Multicolor 3D Orbital Tracking. Small 2023: e2204726.
"Single Particle tracking" (Thomas Habedank)
AG Tinnefeld:
"Superresolution microscopy with graphene energy transfer” (Lukas Noack)
Literatur:
"DNA origami biosensors" (Vortragende*r)
Literatur:
AG Serwane:
"Mechanics of retina development" (Ziang Niu)
Literatur:
In vivo quantification of spatially varying mechanical properties in developing tissues Serwane et al., 2016 Naturę Methods https://doi.org/10.1038/nmeth.4101
Scale invariance of mechanical properties in the developing mammalian retina Shelton et al., Bioarxiv 2024
https://doi.org/10.1101/2024.10.21.619491
Angemeldet:
L. Qi
Z. Niu
J. Hein
T. Xuan
F. Maier
F. Olems
L. Noack
J. Nägele
A. Nissen
T. Holzner
F. Stickdorn
Th. Habedank
K. Bui Pham Minh
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(Anmeldung zum Seminar: LSF (closed))
Thaler L. , Xiao T., Krimmel F., Coenenberg T., Habesoglu A., Ramos B., Sierro Cavalcante O.
Opitz Ph., Ganser D., Pietras D., Pellner M., Murano S., Daghstani I.
(bei Fragen: Mail an Martin Benoit)
Verantwortlich für den Inhalt: M.Benoit